Les diatomées sont des microalgues unicelullaires présentes dans tous les milieux aquatiques. Les diatomées benthiques des cours d’eau sont l’un des maillons biologiques-clés identifiés par l’Union Européenne pour diagnostiquer l’état écologique des cours d’eau dans tous les États-Membres. Elles sont sensibles aux caractéristiques physico-chimiques plus qu’aux habitats dans lequels elles se trouvent, contrairement aux autres taxons utilisés dans la bioindication.
Au niveau du territoire français métropolitain, l’antériorité de la connaissance écologique des espèces, la constitution de référentiels de données importants et la mise au point d’indices diatomiques désormais bien calés permettent de définir et d’évaluer ce bon état écologique
En revanche, la situation est beaucoup plus complexe dans les DOM en termes de connaissance taxonomique et hydro-écologique, ainsi que pour la mise au point d’outils de diagnostic pertinents dans le contexte biogéographique local. En effet, du fait de l’isolement géographique et du climat, la flore des diatomées est méconnue et encore trop peu suivie pour que les indices diatomiques mis en place en Europe continentale puissent y être utilisés de manière optimale.
De nombreuses avancées ont cependant eu lieu suites à diverses interventions de l’IRSTEA sur le territoire guyanais ainsi qu’à des travaux d’Asconit dans le cadre de la DCE qui ont notamment permis des avancées taxonomiques. Des indicateurs ont été proposés, inspirés des indicateurs métropolitains (comme par exemple l’indice de polluosensibilité ou l’indice diatomique générique) mais ceux-ci restent encore peu robustes pour la Guyane.
Un projet de recherche mené par l’IRSTEA sous maîtrise d’ouvrage d’Agence Française pour la biodiversité (AFB) va être amorcé en 2017 afin de développer un indicateur adapté à la flore diatomique guyanaise.