En à peine plus d'un siècle, les concentrations en gaz à effet de serre tel que le dioxyde de carbone (CO2) et le méthane (CH4) ont augmenté de manière exponentielle dans l'atmosphère. Ce phénomène est à mettre en relation avec les activités humaines. Ses besoins en énergie ont conduit l'homme à bruler de grandes quantités de carbone fossile. De plus, l'exploitation des espaces forestiers et la pratique d'une agriculture intensive ont également altérés les écosystèmes continentaux, et côtiers... modifiant ainsi les échanges de matière et d’éléments entre les différents réservoirs terrestres. La construction d'un barrage et son exploitation correspondent à un changement de la répartition des biomes au sein de l'écosystème continental, transformant un écosystème fluviatile et terrestre en un écosystème aquatique lacustre. Au cours de la dernière décennie, les retenues de barrages ont été identifiées comme des sources significatives de CO2 et de CH4 pour l'atmosphère (Rudd et al., 1993 ; Rosa and Schaeffer, 1994 ; Duchemin et al., 1995 ; Galy- Lacaux et al., 1997, 1999 ; Delmas et al., 2001 ; Rosa et al., 2003 ; Soumis et al., 2004 ; Tremblay et al., 2004). Les émissions de CO2 et de CH4 résultant de la dégradation de la matière organique (MO) immergée lors de la mise en eau d'un barrage se sont également avérées significatives en milieu tropical (Rosa and Schaeffer, 1994 ; Galy- Lacaux et al., 1997, 1999 ; Delmas et al., 2001). A l’échelle globale, Saint-Louis et al. (2000) ont estimé que les barrages représenteraient 12% des émissions totales de CH4. Basé sur un nombre limité de mesures, cette estimation des émissions de carbone vers l'atmosphère doit donc être mieux comptabilisée. Les émissions de gaz biogéniques par les lacs, les rivières et les estuaires dépendent de nombreux processus hydrodynamiques, météorologiques, biologiques, microbiologiques et biogéochimiques qu'il est possible de mettre en relation les uns avec les autres grâce à une modélisation couplée hydrodynamique-biogéochimie afin de mieux appréhender leur variabilité temporelle et de les prédire.