L'essor des méthodes de bioindication pour l'évaluation de l'état écologique des milieux aquatiques, sous l'impulsion de la directive cadre sur l'eau (DCE), a stimulé en quelques années un effort de recherche et de développement important dans les départements d'outre-mer français. Des Antilles à La Réunion, de Mayotte à la Guyane, les pouvoirs publics ont conduit des dizaines de projets partenariaux associant gestionnaires locaux, services de l'État, organismes de recherche et bureaux d'étude spécialisés. Dans chaque DOM, les réseaux de surveillance des cours d'eau et du littoral sont désormais, pour l'essentiel, en place. Des protocoles de terrain ont été testés, validés, partagés d'un territoire à l'autre. Des milliers d'opérations d'échantillonnage en lien avec l'état écologique des masses d'eau - compositions faunistiques et floristiques, paramètres physico-chimiques, etc. - ont été réalisées, bancarisées et analysées. Des groupes de travail nationaux ont été créés pour structurer la méthodologie et organiser le partage d'expertise et d'expériences sur le suivi des herbiers, du benthos récifal ou des poissons migrateurs... [...] Au-delà des impératifs réglementaires de rapportage de l'état des masses d'eau, cette dynamique bénéficie durablement à la connaissance et à la préservation des milieux aquatiques d'outre-mer. La somme des données d'échantillonnage collectées et bancarisées fournit un formidable matériel pour l'étude des communautés floristiques et faunistiques tropicales, de leur écologie et de leur sensibilité aux différentes pressions anthropiques. De même, l'effort d'harmonisation et de mise à jour taxinomique induit par la DCE constitue une avancée importante pour la conservation de cette biodiversité foisonnante et encore souvent méconnue. Enfin, l'expérimentation de techniques et d'approches émergentes (ADN environnemental, séquençage massif, étude des liens entre phylogénie et polluo-sensibilité, télédétection, etc.), menée à la faveur du développement de la bioindication DCE, constitue autant de perspectives prometteuses pour la recherche en écologie aquatique.