Afin d'établir l'état écologique des masses d'eau, la Directive Cadre Européenne sur l'Eau (DCE) s'appuie sur l'évaluation d'un certain nombre d'éléments de qualité biologique, ainsi que des paramètres physico?chimiques soutenant la biologie. Le suivi du phytoplancton n'étant pas jugé pertinent du fait de la forte turbidité caractérisant les grands estuaires de métropole et des DOM (Guyane), il est apparu comme pertinent d'étudier la possibilité d'utiliser les peuplements du microphytobenthos (MPB) en tant qu'indicateur biologique de l'état écologique des estuaires. Ce rapport d'activité effectue la synthèse finale du projet qui s'inscrit dans le cadre d'une convention AFB - Université de Nantes. Il s'articule principalement autour de deux axes : le premier axe repose sur l'analyse de la composition spécifique du MPB, et consiste à étudier les variations de la structure des peuplements le long de gradients de perturbation, pour développer un bio-indicateur. Les peuplements sont prélevés à l'aide de carottes à micro-échelle, le long de transects positionnés dans la partie poly-haline d'un estuaire. Ce rapport synthétise les principaux résultats obtenus lors des campagnes de terrain engagées sur l'estuaire de la Loire au printemps et à l'automne de l'année 2016. Les mesures de diversité du MPB sont complétées par des mesures de variables biotiques (méïofaune, macrofaune) et abiotiques (HAP, métaux lourds, nutriments). Ce premier axe comprend également l'élaboration d'une base de données historiques reposant sur les collections de Tempère et Peragallo, publiées entre 1889 et 1915, ainsi que sur l'atlas des diatomées marines benthiques des littoraux français de Peragallo & Peragallo (1897-1908). La base de données a été complétée en 2017 par des données plus récentes issues de publications, de thèse et de rapports. Le second axe correspond à une étude à macroéchelle portant sur l'analyse de la distribution spatiale et de la biomasse de MPB à l'échelle de tout un estuaire par télédétection. L'objectif est de développer des métriques issues de données mesurées à macroéchelle. Nous avons commencé à développer la méthode pour l'estuaire de la Loire tout en considérant la possibilité de l'appliquer aux 42 estuaires et baies identifiées comme des masses d'eaux de transition en France métropolitaine. Pour cela, nous avons estimé le potentiel de différents capteurs multispectraux pour cartographier les peuplements du microphytobenthos pour des estuaires de tailles variables, en tenant compte de leur résolution spatiale et spectrale.