We present in this chapter the regional approach of the BIOBAB project, whose aim was to define homogeneous regions as regards the ecological functioning of running waters. The approach consisted of identifying at different hierarchical levels the ecohydrological links between physical control factors and ecosystem structures. Such an approach should provide a global outlook of the natural diversity of aquatic ecosystems in the basin, and by understanding the distribution of the main functional types, to allow some spatial prediction of their most important physical characteristics and associated biota. We shall define, map, and briefly describe the "hydro-ecoregions" of the Bolivian Amazonian basin and present some important aquatic ecosystem characteristics about morphology, hydro-chemistry, and fish and invertebrate communities in the Andean zone. This work is the first attempt to regionalize running water ecosystems in South America, with the end objective to provide a geographical frame for management and conservation. / Nous présentons dans ce chapitre l'approche régionale du projet BIOBAB, dont le but était de définir des régions homogènes par rapport au fonctionnement écologique des eaux courantes. L'approche consiste à identifier à différents niveaux hiérarchiques les liens hydroécologiques entre les facteurs de contrôle physiques et les structures des écosystèmes. Une telle approche devrait fournir des perspectives globales sur la diversité naturelle des écosystèmes aquatiques au niveau du bassin, et par la compréhension de la distribution des principaux types fonctionnels, devrait permettre des prédictions spatiales de leurs plus importantes caractéristiques physiques et des peuplements associés. Nous définirons, cartographierons, et décrirons brièvement les "hydro-écoregions" du bassin Amazonien Bolivien et présenterons certaines caractéristiques importantes des écosystèmes aquatiques concernant la morphologie, l'hydro-chimie, et les communautés de poissons et d'invertébrés de la zone andine. Ce travail est la première tentative de régionalisation des écosystèmes d'eau courante en Amérique du Sud, avec pour objectif final de fournir un cadre géographique pour la gestion et la conservation.