En contexte équatorial, les sédiments meubles intertidaux sont colonisés par un continuum écologique allant de vasières en cours de stabilisation à des sols colonisés par divers faciès de mangroves. Si les fonctions microbiennes édaphiques des écosystèmes terrestres sont extensivement étudiées, il n’en est pas de même pour ces milieux sédimentaires. Ces travaux de recherche ont donc eu pour principal objectif de définir les facteurs de contrôle et de variabilité spatio-temporelle des fonctions des communautés microbiennes (respiration aérobie, diversité métabolique et activités enzymatiques) au sein des espaces estuariens et littoraux de la Guyane française. Ces recherches ont été conduites sur divers stades de colonisation biologique de ces habitats et à diverses échelles spatio-temporelles en prenant en compte le rôle déterminant de l’instabilité hydro-sédimentaire et les possibles variabilités induites par les saisons hydro-climatiques. Différents facteurs pouvant influencer les fonctions microbiennes ont été considérés : i) la qualité chimique (RMN solide du 13C) de la MO des sols en fonction de la composition des formations végétales et de leurs stades de développement ; ii) les caractéristiques physico-chimiques des sédiments et des eaux interstitielles en fonction de la localisation et de la topographie des divers faciès de mangroves. D’une manière générale, les résultats ont mis en évidence l’importance des instabilités hydro-sédimentaires dans la mise en place et la structuration des fonctions microbiennes sédimentaires de Guyane. En outre, pour les différents modèles étudiés, les facteurs de structuration sont apparus variables. Néanmoins, la MO, en termes de quantité et de qualité, s’est révélée être un facteur prépondérant pour l’expression de ces fonctions et ce pour les stades allant de la vasière nue à la jeune mangrove. En revanche, il est apparu beaucoup plus difficile de discerner des facteurs structurants génériques pour les divers faciès de mangroves matures.