Les macro-invertébrés d’eau douce sont depuis longtemps utilisés comme indicateurs de la qualité des cours d’eau. Ils présentent eux-aussi leurs propres avantages :
- d’une biodiversité systématique importante, ils colonisent une grande variété d’habitats et de microhabitats
- étant très diversifiés, ils sont sensibles à des perturbations très différentes
- leur mobilité réduite les exposent fortement aux activités humaines
- leur cycle de vie (de l’ordre de quelques mois) intègre une réponse à une perturbation à une autre échelle de temps que les poissons et diatomées, les deux autres bioindicateurs couramment utilisés.
Deux indices biologiques basés sur les macro-invertébrés sont utilisés en Guyane. Le SMEG (Score Moyen des Ephéméroptères Guyanais) se base sur la présence ou l’absence d’éphéméroptères indicateurs de qualité ou au contraire de pollution. Le GAINi (Guyane Aquatic INvertebrates index) est un indice multimétrique créé en 2010 dans le cadre du programme QUES (cf. indice poisson ci-dessus) prenant en compte l’ensemble de la communauté d’invertébrés aquatiques.
Comme pour l’indice poisson, ces indices nécessitent encore des années de plus en termes de jeu de données afin de les rendre plus robustes.